Las megaevoluciones de Mewtwo y otros legendarios aparecen en la Pokédex debido a que vienen programados por defecto en el "paquete" del programa usado para crear el juego.
Eso no significa que puedan obtenerse finalmente en el juego ya que por ejemplo, si no metes en el juego las megapiedras y/o no programas el método de cambio de forma, ésta no ocurrirá.
Volviendo al caso de Mewtwo, si no metes la Mewtwonita Y en el juego será imposible que megaevolucione a Mega Mewtwo Y